En septiembre de 1551 le llama el príncipe de Bungo, que le permite predicar en esas islas. Un mes después y dejando algunos conversos, Francisco Javier se vuelve a la India alertado por las noticias que le llegan. El viaje de vuelta se realiza en la nao Santa Cruz que capitaneaba Diego de Pereira, quien le da la idea de organizar una embajada a China en nombre del rey de Portugal para entablar negociaciones de paz. Cuando llega a Malaca se entera de que la India ha sido nombrada provincia jesuítica independiente de Portugal y que él es su provincial.